《庄子》一尺之锤，日取其半，万世不竭的描写中得到启发，开始探索建立微积分之学。然而，世事难料，此时牛顿却卷入了一场朝堂斗争之中。

其时，康熙欲对平西王等三位藩王进行削藩，平西王吴三桂表面上遵旨，但却以安置官兵为由，向朝廷大肆索要粮饷银两，其数额之巨，乃是朝廷国库存银之数倍。

康熙大怒，令户部核算，然户部无法算出准确结果。康熙遂令牛顿重新计算，牛顿不负圣望，准确算出了平西王吴三桂所索物资之真实数据。并结合其所要物资种类、数量，判断出吴三桂水、步、骑兵规模，康熙大悦。

朝廷以牛顿计算结果降旨责问吴三桂，吴三桂无可抵赖，遂起兵谋反，号称清君侧，诛牛顿。一时间势不可挡，一举攻下南方十余省。

朝中诸臣大惊，不少人建议诛杀牛顿以与吴三桂议和，康熙却意志坚定，曰: 昔日晁错伏诛，可平七国之乱乎?

于是，康熙力排众议，聚兵与吴三桂决战，终平三藩之乱。

次年，牛顿升为户部侍郎。

考虑到牛顿身无军功，擢升太快恐百官不服，于是康熙特命牛顿为钦差，到东南沿海督战。